Wichtigstes Entscheidungsorgan der Stadt Waldkraiburg ist der Stadtrat. Er ist die gewählte Vertretung der Waldkraiburger Bürgerinnen und Bürger.

Der Stadtrat entscheidet über alle wichtigen Angelegenheiten der übertragenen Selbstverwaltung. Er setzt sich in Waldkraiburg aus 30 Mitgliedern und dem hauptamtlichen ersten Bürgermeister zusammen.

Derzeit setzt sich der Stadtrat zusammen aus: 

• CSU 18 Sitze                 
• SPD 9 Sitze
• UWG 2 Sitze                  
• Grüne/ödp 1 Sitz

Die Stadtratsmitglieder sind keine Berufspolitiker, ihre Arbeit ist ehrenamtlich. Sie werden für die Dauer von sechs Jahren gewählt.
Die Einberufung der Sitzungen des Stadtrats erfolgt durch den ersten Bürgermeister. Er legt im Vorfeld die Tagesordnung fest und führt durch die Sitzung.